Постоянно действующим исполнительным органом Межрелигиозного совета России является Секретариат, который  реализует инициативы, одобренные на заседаниях Совета.

С июня 2001 года по декабрь 2005 года обязанности секретаря МСР исполнял Роман Анатольевич Силантьев российский историк религии, религиовед. Доктор исторических наук (2014). Профессор кафедры мировой культуры (с 2015), кафедры теологии (с 2016) и заведующий (с 2019) лабораторией деструктологии Московского государственного лингвистического университета. Специалист в области географии религии, сектоведения, противодействия экстремизму и терроризму, этнополитики.  Автор более ста публикаций.

С 2005 по 2010 годы – священник Георгий Рощин, сотрудник, заместитель Председателя Синодального отдела Московского Патриархата по взаимоотношениям Церкви и общества. С 2014 года, епископ Наро-Фоминский Иоанн -  управляющий Патриаршими приходами в США. С 2018 года назначен управляющим приходами Московского Патриархата в Италии, с декабря 2018 года – главой Патриаршего экзархата в Западной Европе, правящим архиереем Корсунской епархии. В 2019 году возведен в сан митрополита. В настоящее время настоятель храма прп. Феодора Студита у Никитских Ворот г. Москвы, настоятель храма Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлове г. Москвы.

С 2010 по 2015 год обязанности секретаря МСР исполнял иерей Роман Богдасаров, сотрудник, заместитель Председателя отдела Московского Патриархата по взаимоотношениям Церкви и общества. В настоящее время настоятель храма прпп. Зосимы и Савватия Соловецких в Гольянове г. Москвы, заведующий Сектором по взаимодействию с Росгвардией Синодального отдела Московского Патриархата по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными органами.

С января 2016 года по декабрь 2023 года исполнительным секретарем МСР был иерей Димитрий Сафонов. Кандидат исторических наук (РАНХ и ГС, 2004), кандидат богословия (МПДА, 2010). Автор более ста научных публикаций. В настоящее время: консультант ОВЦС Московского Патриархата, клирик храма праведного Иоанна Кронштадтского в Жулебине в Москве. Доцент кафедры теологии Института гумантираных и прикладных наук Московского государственного лингвистического университета. Общественная деятельность: член Совета Российской ассоциации религиозной свободы (РАРС), член Совета Императорского Православного Палестинского общества (ИППО), член Экспертного совета Федерального агентства по делам национальностей.