23 декабря 1998 года в Отделе внешних церковных сношений Московского Патриархата по инициативе председателя ОВЦС МП митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла состоялась встреча Глав и представителей традиционных российских религиозных объединений — Русской Православной Церкви, общин последователей ислама, иудаизма и буддизма. На встрече обсуждался вопрос об усилении в России межрелигиозного диалога и сотрудничества, направленных на координацию усилий традиционных религий нашей страны по духовному возрождению общества.

Было принято решение о создание Межрелигиозного совета России, в котором представители четырех традиционных религий, поддерживающих диалог со времени существования Советского Союза, смогут совместно обсуждать проблемы, стоящие перед современным российским обществом, в стремлении выработать по ним близкую позицию для свидетельства перед лицом власти и народа.

Совет будет иметь постоянно действующий секретариат, поддерживаемый всеми четырьмя инициаторами процесса. В дальнейшем планируется сделать Совет открытым для участия других религиозных объединений, традиционно присутствующих в России, а также для сотрудничества в рамках Содружества Независимых Государств и в более широком международном контексте.

Одними из первых практических дел Совета должны стать созыв Миротворческого форума традиционных религий России и организация межрелигиозного взаимодействия в связи с предстоящим празднованием 2000-летия Рождества Христова и начала Третьего тысячелетия.

10 сентября 1999 года в Отделе внешних церковных сношений Московского Патриархата состоялось второе заседание Межрелигиозного совета России, в котором, в частности, приняли участие председатель ОВЦС МП митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, председатель Президиума Духовного управления мусульман Европейского региона России, председатель Совета муфтиев России муфтий Равиль Гайнутдин, руководитель Департамента внутренних дел и внешних отношений Центрального духовного управления муусльман России и европейских стран СНГ муфтий Альбир Крганов, главный раввин России и СНГ Авром Шаевич, духовный представитель Пандито Хамбо-ламы в Москве Санжей-лама.

На заседании была принята Декларация Межрелигиозного совета России. Совет одобрил инициативу проведения в ноябре 2000 года межрелигиозного миротворческого форума с участием общин религий, вовлеченных в работу Совета, из России и других стран СНГ. Было принято решение направить делегацию МСР на очередную Генеральную ассамблею Всемирной конференции «Религия и мир» (Амман, Иордания, 25-29.11.1999). Рассматривались также организационные и структурные аспекты деятельности Совета.

22 марта 2000 года в здании Мемориальной синагоги на Поклонной горе состоялось очередное заседание МСР. На заседании были приняты уточняющие решения о формировании руководящих органов МСР — президиума и секретариата. Было также решено создать оргкомитет и рабочую группу по подготовке Миротворческого форума по взаимодействию традиционных религий и культур (Москва, 13-15 ноября 2000 года). Председателем Оргкомитета был избран митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл.

25 декабря 2001 года состоялось очередное заседание МСР, в ходе которого в МСР были приняты Координационный центр мусульман Северного Кавказа и Федерация еврейских общин России.

22 апреля 2010 года в рабочей Патриаршей резиденции в Чистом переулке состоялась встреча Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла с членами Президиума МСР.

В ходе заседания на повестке дня были рассмотрены вопросы подготовка к Всемирному саммиту религиозных лидеров и обсуждались проблемы, связанные с защитой прав семьи и ребенка. В своих выступлениях члены президиума Межрелигиозного совета России отметили выдающуюся миротворческую роль Святейшего Патриарха Кирилла в религиозном и межнациональном пространстве, а также вклад Его Святейшества в созидание взаимополезных и продуктивных межрелигиозных отношений на площадке Межрелигиозного совета. 

Члены президиума обратились к Святейшему Патриарху Кириллу с просьбой стать почетным председателем Межрелигиозного совета России.

В ответном слове Предстоятель Русской Церкви сообщил, что с благодарностью принимает это предложение.